為防止基質(zhì)帶菌或蟲卵，使用前必須消毒處理。凡已經(jīng)栽培過蔬菜并準備繼續(xù)使用的基質(zhì)，因其含有部分蔬菜殘根等物，更易引起病菌感染，也應消毒。一般用化學方法及消毒劑來消毒。

育苗基質(zhì)可以事先消毒，用濃度0.5%~1%的高錳酸鉀溶液或多菌靈、百菌清、甲基托布津等農(nóng)藥消毒，并蓋好塑料薄膜，3?5天后揭開薄膜，再放1~2天即可用于播種；也可以在播種過程中用濃度0.3%的高錳酸鉀溶液消毒，但是消毒效果不如前者。

還可以用甲醛將40%的甲醛稀釋50倍，用噴壺均勻將基質(zhì)噴濕，用塑料薄膜覆蓋24小時，自然風干2周后使用。

厘米見方打1孔，注入5毫升氯化苦，封孔。其上再堆放30厘米厚基質(zhì)，方法同前。如此堆放2~ 3層，蓋嚴薄膜7~10天，然后攤開晾7~8天使用。

每立方米使用溴甲烷100~150克，將藥與基質(zhì)混勻堆放，蓋嚴塑料薄膜3~5天，然后攤開晾曬2~3天后可以使用。

如果基質(zhì)廠家使用過久，基質(zhì)上積留大量鹽分，影響繼續(xù)使用效果，可用清水浸泡或沖洗一段時間，然后繼續(xù)使用。